小智等人此时来到了一个名为抹茶市的城市。刚到宝可梦中心，就看见了繁忙的乔伊小姐。“喂？什么，又有一只传送的宝可梦没到吗？”“这个问题，我们会尽快解决的，十分抱歉。”乔伊小姐刚放下电话，右边的电话又响起，刚接通乔伊小姐就拿起了另一个响起的电话。看起来有些手忙脚乱。“这里到底发生了什么事？居然如此让乔伊小姐如此繁忙。”小刚不解道。“对不起，你们稍微等一下。”乔伊小姐看见小智三人后说道。“没事的，这里出现了什么状况？”小霞热心的问。“不可能，绝对不可能，我制造的设备不会出现故障的。”远处传来了一个声音。“可是....唉，是这样的，这里的宝可梦中心传送装置出现了故障，比如说传送一只珍惜宝可梦到达的却是鲤鱼王这类宝可梦。”乔伊小姐无奈的解释。“这么严重的问题什么时候发生的。”小刚急切的问。“这个从早上开始就有人不断地投诉，如果这个问题再不解决的话，宝可梦中心的声望损失不谈，训练家们的宝可梦也找不回来。情况十分紧急。”乔伊小姐十分忧愁的说着。此时，一名穿着白色衣服，胖胖的圆脸带着眼镜盯着电脑的红点说：“原来如此，我想我找到原因了。”“秋叶原博士，你发现了什么吗？”乔伊小姐听闻问道。“秋叶原博士，就是那个制造宝可梦传送系统的那个秋叶原博士？”小刚兴奋地说道。“没错，我就是秋叶原博士。我找到问题所在了。”秋叶原博士回答。随后，秋叶原博士解释称，有一个奇怪的组织，抢走了他的3d龙零号机，他们用博士的传送机进入了电脑世界，这些宝可梦一定都是他们偷走了。“是不是两个人和一只喵喵，穿着白色衣服还刻红色的"r"的一行人。”小智问道。“没错，就是他们，你认识他们吗？”秋叶原博士问道。“他们是火箭队，是专门抢夺其他人宝可梦的邪恶组织。”小智解释。“其实我可以用一个杀毒软件，放进电脑世界，这样的话里面的人就会直接脑死亡。但是这样做的话我也成了犯罪分子。”秋叶原博士接着说。“所以，我需要有人进入电脑世界，把这些可恶的家伙给抓出来。”秋叶原博士期待的看着小智等人，目的不要太明显。“喂，我们可以没有义务给你帮忙，万一进入了电脑世界出不来怎么办？”小智马上拒绝了。“没错，谁知道电脑世界里有没有危险，我也不同意进入。”小霞建议。“放心，有这个你们一定能出来....”秋叶原博士宝可梦传送机里拿出了一个宝可梦球。“这个是本天才发明的虚拟宝可梦3d龙初号机（多边兽）。它可以带你们进入电脑世界也能帮助你们离开电脑世界。”“你不是说火箭队抢走了吗？”小刚疑惑道。“我一共制造了两只3d龙宝可梦，火箭队抢走的是3d龙零号机，”秋叶原博士解释。小智对其很感兴趣，目不转睛的盯着3d龙说：“要想我们帮忙也可以，不过我们需要一点小小的报酬。”秋叶原博士马上反应过来，用手遮住精灵球手说：“你不会是要本天才的发明3d龙吧。”“没错哦，秋叶原博士，你不是有两只吗，我要一只给大木博士研究研究不行吗？”秋叶原博士想了想，“好吧，只要你们帮忙解决，又有大木博士的要求，我就答应了，希望你们能尽快打败火箭队，夺回3d龙零号机。”随后，小智三人跟着秋叶原博士来到了它的研究所。秋叶原博士指着一个玻璃罩说，“快进去这个传送装置。”接着，小智等人走进玻璃罩内，在秋叶原博士的控制下，玻璃罩顶部射出一道激光，洒在3d龙、小智三人以及皮卡丘的身上。他们慢慢的从脚部开始，一点点地消失不见。进入电脑世界的小智等人正坐在变大的3d龙身上，飞在半空。秋叶原博士看着消失的小智等人，马上回头看向了大屏幕。“你们前面就是网络高速公路了，这个就是传送宝可梦球的通道，你们沿着它飞行，应该很快就能找到火箭队。”“收到了，秋叶原博士，我们赶快去找火箭队他们。3d龙拜托你了！”此时，火箭队三人组正在高速公路上拦截传送的精灵球。“好多好多的精灵球，实在是大丰收啊！”“我们好久没有这么成功过了！”“喂，你们两个不要聊了，就我一个人在做事哎。喵。”喵喵打断了武藏和小次郎说道。“别着急嘛，喵喵。这里只有我们进来了。”小次郎淡定的说着。“就是就是，我们可是抢的3d龙零号机，难道还有别人会有3d龙吗？”武藏悠闲的说。“喂，火箭队，终于找到你们了！”小智三人正骑着3d龙在空中喊道。“是小鬼头！”x3。“你们还真是坏事做尽，居然在电脑世界偷传送的精灵球！”小霞大声呵斥。“可恶的小鬼头，双蛋瓦斯。上吧。”“阿柏怪你也上吧。”只见此时3d龙双眼扫描了双蛋瓦斯，身体变为黑色冲击了双蛋瓦斯，连同阿柏怪一起撞飞到了地面的火箭队身上。“可恶，好重啊，快起来你们，喵！”喵喵被压在最底下痛苦的说。“这个是什么招式？”小刚疑惑道。此时，秋叶原博士的声音传来，“这个是我的发明3d龙的独特招式，叫做变形ii（纹理ii），能将自身的属性改变为抵御或免疫目标使用的绝招的属性，这是本天才的独家发明！”火箭队三人组也听到了秋叶原博士的声音，“感谢你的提醒，既然这样我们也用3d龙。”武藏扔出了精灵球，同样的3d龙现身，只是尾巴上带着火箭队r的标志。“加油，3d龙！”小智等人跳下了3d龙。随后，两只3d龙在空中大战，一会变成矛盾对撞，一会变成铁锤，剑等等。小智三人趁机解决了火箭队三人组，同时恢复了堵塞的网络高速公路。“太好了，小智，宝可梦传送已经恢复了。”秋叶原博士的声音传来。就在这个时候，3d龙零号机被击落在地面，然而3d龙初号机好像程序故障，双眼发红，朝着小霞飞去。“危险，小霞。”小刚大喊。此时，3d龙初号机好像失去了理智，身体不断地变形，直冲冲的朝着小霞撞去。小智朝着小霞飞快的跑去，非常着急，想要救下小霞。小霞正在逃跑，不小心摔倒，绝望的回头看着飞来的3d龙初号机，闭上了眼睛。“不！！”就在3d龙初号机即将撞上小霞的时候，小智眼冒蓝光，胸前的护身符发出紫色的光芒、控制住了3d龙初号机。3d龙初号机慢慢的恢复了理智，小智连忙抱住跌倒的小霞。躺在地上的小霞慢慢的睁开眼睛，“这里是地狱吗？小智你怎么也在。”“不是哦，小霞，你没事！”小智眼含泪光回道。“皮卡丘~皮”皮卡丘也非常高兴。（皮语专指小霞，有兴趣的可以查查皮卡丘的语言。）小霞连忙伸出洁白的藕臂抱住小智，“太好了，小智。”小刚此时用慈祥的眼神看着小智和小霞，随后问道：“小智，你刚才那个是？”“那个是超能力的一种，叫做波导之力。”小智捂着胸口说。刚才，由于小智救人心切，激发了波导之力，护身符里的少女幽魂沐紫立刻帮助小智维持波导之力，并且告诉了小智关于波导之力的详细介绍。由于3d龙初号机的失控，秋叶原博士那边没有了画面，非常着急。此时3d龙初号机恢复了理智，“太好了，终于能联系上你们了，发生什么事了？”小智看着秋叶原博士的画面就非常生气，“可恶，博士，你等我们出来，你的发明实在是太逊了。”随后小智三人抓住火箭队三人组，带着他们一起出了电脑世界。小刚向秋叶原博士解释了3d龙初号机的事情，秋叶原博士向他们真诚的道歉，并表示一定会修复相关的问题。小智表示3d龙初号机问题太多，于是要来了3d龙零号机传送给了大木博士。远在真新镇的大木博士对于小智送来的3d空零号机非常的兴奋，“小智居然从秋叶原那个抠鬼弄到它，真实了不起。”小智等人告别了秋叶原博士离开抹茶市，正式踏上了下一个道馆的旅程。在路上，小智摸着胸前的护身符，好像有心事。小霞注意到了，“小智，你是不是有心事。”小智回复：“没什么事。”小霞笑了笑。“不说也行，小智，我会等你自己跟我说的那一天的。”