小智一行人离开了野生原野区，此时已经临近黑暗市。旅途中，小智三人在阳光镇中间大桥遇到了暴走单车族，给乔伊小姐送药，本想骑单车，谁知暴雨袭来，由于小智拥有快龙，直接就让快龙送了过去。后来，小智等人又遇到了百变怪和模仿少女伊美蒂，在皮卡丘的“模仿能力”教导下，百变怪克服了脸部无法完美模仿的缺点。然后，小智等人穿越了全是皮卡丘的森林，在那里打败了想要捕捉皮卡丘们的火箭队。再后来，小智等人经过了一座拥有进化石的矿山的城市，同时用实力给太一的三哥哥展示了伊布不需要进化也非常强大，太一的伊布因此不需要进化，作为答谢小智等人有得到了不少的进化石。途中在一个村子，又遇到了堵住山泉泉眼的卡比兽，小智用宝可梦之笛子成功的唤醒它。此时，小智等人一行人进入了黑暗市，萧条冷清的街道让小智等人有些意外。“这里怎么街道上一个人都看不到?”小刚看着四周说道。“这里应该是发生了什么状况，我们快去宝可梦中心吧。”小智说道。就在小智三人路过一座餐馆时，突然，有人从屋顶上扔下了几块石子。小智等人连忙躲闪，石头砸在了地面。“是谁？”小智马上看着屋顶大声问道。“皮卡丘，对着屋顶用电击！”皮卡丘马上朝着屋顶使用了电击绝招，屋顶上传来了惨叫“啊啊。”三个小孩子从屋顶上滚落下来，依次落在了店门前的干草堆上。“啊，是小孩子唉！”看到孩子掉下来后，小刚很吃惊的说道。“你们没事吧，为什要丢石头砸我们？”小智走到小孩的面前问道。趴在最上面的孩子不太友好的开口：“你们不是宝可梦训练家吗？”“是啊，我们都是宝可梦训练家，你们非常讨厌宝可梦训练家吗？”小智问道。那个说话的小男孩拿出了一根木棒，准备敲打小智三人。小智马上给三个小男孩“爱的教育”，一人一个大嘴巴子。.com“好痛唉，果然是宝可梦训练家的作为。我们非常讨厌宝可梦。”三人捂着红彤彤的脸说道。小霞反驳，“宝可梦哪里不好了？”小智刚想接着教育一下三个小男孩，听到一个男人的声音。“等一下，实在是不好意思，这些孩子给你们添麻烦了。”一个穿着蓝色围裙的大叔走到小智面前说道。“请各位来我们家一下我会详细解释的。”小智三人跟着到了大叔家后，大叔做了蛋包饭给小智等人道歉。从大叔口里知道了，为了成为宝可梦联盟正式承认的道馆，这里的亚斯道馆和卡兹道馆聘请旅行的宝可梦训练家当打手。不论发生了什么，两家道馆的道馆训练家们就开始街斗，严重影响到了正常市民的生活。而就在小智等人吃蛋包饭的时候，街道上传来一阵骚动，两方人马又开始了火拼。“是亚斯道馆和卡兹道馆之间的小斗争，你们几个赶快躲到二楼去吧，如果被卷入斗争的，那就糟糕了。”大叔赶紧解释道。“呵呵，不要担心大叔，就让我们来帮你解决吧！”小智放下了手中的餐具，拿着纸巾擦了擦嘴，起身朝着人群走去。此时，卡兹道馆训练家和亚斯道馆训练家，派出了电击兽和飞天螳螂正在血战。“喂喂喂，你们不要再打了！”小智将帽子反戴，慢慢走出来喊道。听到小智声音的众人，停下了争斗看着小智。“你是谁？不要妨碍我打败卡兹道馆。”亚斯道馆训练家说道。“什么？应该是我打败你才对。”卡兹道馆训练家盯着亚斯道馆训练家说道。“我是一个路过的宝可梦训练家，去吧，皮卡丘，喷火龙。解决掉他们。”皮卡丘使用十万伏特，给卡兹道馆训练家那边的人群来了一个“电疗”。喷火龙吐出喷射火焰，吐向亚斯道馆训练家众人，使得他们的头发变成了烧焦的爆炸头。“可恶，兄弟们先解决这个外来者。”众人拿着武器调转目标，准备攻击小智。“哎呀哎呀，你们好像很看不起我，既然如此我就不手下留情了。”小智搓了搓手，准备派出更多的宝可梦。“等一下。”就在此时，一位穿着长长风衣，带着黑色口罩的人喊道。“什么，你又是谁？”两个道馆的馆主则是说道。“我就是宝可梦联盟派过来的正义的检查官，去吧，宝可梦球。”这个带着口罩的人，则是扔出一个宝可梦球后说道。宝可梦球展开，一只可爱的吉利蛋先生。“吉利，吉利。”“是吉利蛋耶，这就表示这个人是……”看到放出的吉利蛋，小刚说道。“没错，我的真实身份是乔伊，只会利用宝可梦来打架的人所开的道馆是绝对不可能获得宝可梦联盟正式承认的。”神秘人摘掉伪装后，露出了真面目，原来是乔伊小姐。“怎么会这样。”“可不可以请你网开一面啊。”听了乔伊小姐的话，两个道馆训练家沮丧的说道。“不行哦，你们必须接受联盟的惩罚和培训后，才可以重新开设道馆。”乔伊小姐笑着说。“好吧，既然如此我们接受联盟的安排。”两个道馆训练家垂头丧气道。乔伊小姐转身看着小智，“少年，干得漂亮，从你们进店我就注意到了，宝可梦绝不是人们用来争斗的工具。”“没错，宝可梦是我们的朋友。”小霞附和道。“我热爱着宝可梦们，珍惜与宝可梦的相遇和陪伴。”小智看着皮卡丘和喷火龙说道。“皮卡~皮卡~”“呜啊....”皮卡丘和喷火龙开心的叫着。“乔伊小姐，小生名叫小刚，正在努力成为宝可梦饲育家，请问乔伊小姐是否有兴趣和小生交个朋友。”小刚色眯眯的走到乔伊小姐面前，拉着手说。乔伊小姐有些措手不及，小霞连忙拉着小刚走开了。“好了，既然这里的风波已经结束了，我们也该离开了。”小智说道。之前的三个小孩子给小智等人送别。“大哥哥，我们现在已经不讨厌宝可梦了。我们要成为宝可梦训练家，保护大家！”领头的小孩说道，其他两个同伴也表示赞同。小智欣慰的看着他们，“你们要努力成为宝可梦训练家，加油。”随后小智三人挥手道别，离开了黑暗市，继续朝着下一个道馆前进.....